3 декабря 1992 года издан Указ Президента Российской Федерации № 1513 «О мерах по возрождению торгового флота России», предусматривающий подготовку и утверждение Программы возрождения Российского торгового флота.

Совет Министров – Правительство Российской Федерации постановлением от 8 октября 1993 года №996 утвердил «Программу возрождения торгового флота России на 1993 - 2000 годы», возложив функции государственного заказчика на Министерство транспорта Российской Федерации.

Приказом Министерства транспорта Российской Федерации от 31 марта 1994 года №29 принято решение о создании государственного учреждения «Генеральная дирекция государственного заказчика по реализации Программы возрождения торгового флота России».

По завершении программы возрождения торгового флота России постановлением Правительства Российской Федерации от 5 декабря 2001 года № 848 утверждена подпрограмма «Морской транспорт» федеральной целевой программы "Модернизация транспортной системы России (2002-2010 годы)».

В 2002 году государственное учреждение «Генеральная дирекция государственного заказчика программы «Возрождение Российского торгового флота России» преобразовано в федеральное государственное учреждение «Дирекция государственного заказчика программ развития морского транспорта».

Целями деятельности ФГУ «Дирекция государственного заказчика программ развития морского транспорта» являлись:

• развитие инфраструктуры и объектов водного транспорта;
• реализация и координация мероприятий подпрограммы «Морской транспорт» федеральной целевой программы «Развитие транспортной системы России (2002-2010 годы)»;
• реализация мероприятий иных федеральных целевых программ в части объектов водного транспорта;
• осуществление в соответствии с решениями учредителя функций государственного заказчика, застройщика и (или) заказчика (заказчика-застройщика) по объектам капитального строительства, по выполнению научно-исследовательских и опытно-конструкторских работ.

В соответствии с распоряжением Правительства Российской Федерации от 21 февраля 2011 года № 254-р ФГУ «Дирекция государственного заказчика программ развития морского транспорта» преобразовано в федеральное казенное учреждение «Дирекция государственного заказчика программ развития морского транспорта».

В настоящее время ФКУ «Дирекция госзаказчика» реализует мероприятия по строительству судов аварийно-спасательного флота, грузопассажирских судов, лоцмейстерских судов и гидрографических судов в рамках государственной программы Российской Федерации «Развитие транспортной системы» и государственной программы Российской Федерации «Социально-экономическое развитие Республики Крым и г.Севастополя».